Johann Oppolzer wurde am 3. August 1808 in der Gratzener Burg geboren. Das Medizinstudium absolvierte er in Prag. Dort wurde er stark von Professor Krombholz beeinflusst, der durch seine enzyklopädischen Kenntnisse aus allen medizinischen Bereichen bekannt war. Als Siebenundzwanzigjähriger ließ Oppolzer seine Dissertation über die damals verbreiteten Epidemien in Prag drucken.
In dieser Zeit arbeitete er als Assistent an der Prager Klinik, was damals fast ein Ehrenamt war, und daher arbeitete er zugleich als praktischer Arzt.
Auf sein medizinisches Wirken und seinen humanistischen Umgang mit Patienten erinnerte sich in seinen Memoiren auch der später bekannte Historiker W. W. Tomek – damals war er ein armer zweiundzwanzigjähriger Student, den Doktor Oppolzer, ohne auf ein höheres Honorar zu hoffen, bis zu seiner Genesung gepflegt hat.
„Ich kam an einem Tag vor dem Neuen Jahr zu dem jungen, jedoch bereits bekannten Doktor Oppolzer, der ein Freund der Studenten war, und bat ihn um ärztliche Hilfe. Er untersuchte mich, ordnete mir Bettruhe an und sagte, dass er bei mir Hausbesuche machen würde. Und so hielt er es auch. Bald zeigte sich jedoch, obwohl mir zuerst niemand etwas gesagt hatte, dass ich an der hitzigen Krankheit litt. Ich erfuhr es, als die Hauptkrise schon vorbei war. Doktor Oppolzer kam jeden Tag zu mir …“
Schon 1841 wurde er Primar am Prager Allgemeinen Krankenhaus und nach seiner Habilitation im Jahre 1839 Professor für die klinischen Fächer an der Prager Universität. In Prag gehörte er zu denjenigen Internisten, die nach Wiener Beispiel die Patienten mittels Beklopfen und Behorchen untersuchten.
In dieser Zeit heiratete er Marie Pleischlová und wurde somit Schwiegersohn des ebenso bedeutenden Wissenschaftlers Adolf Martin Pleischl (1787-1867), des Gründers der medizinischen Chemie an der Prager Universität. Mit seiner Unterstützung gründete Oppolzer 1845 im Prager Krankenhaus das erste chemisch-diagnostische Labor in Böhmen, das neben den Blut- und Harnproben und der Untersuchung der Harn- und Nierensteine auch neue chemische Probemethoden in die damalige klinische Praxis eingeführt hat.
Der Name Johann Oppolzer war nicht nur in Böhmen bekannt, sondern auch in vielen europäischen Städten. Als hervorragender Hochschullehrer und Diagnostiker wurde er an die Leipziger Universität eingeladen, wo er als Professor für Pathologie und Therapie zugleich Direktor des Leipziger Jakobskrankhauses wurde. 1850 wurde er an die Wiener Universität eingeladen und an die Spitze des Allgemeinen Wiener Krankenhauses gestellt. In dieser Funktion wurde er zum großen Propagator neuer therapeutischer Methoden und spezieller Forschung.
Im Mittelpunkt seiner wissenschaftlichen Interessen standen Herzkrankheiten, Erkrankungen des Atmungsapparats und Mundhöhlenkrankheiten. Er veröffentlichte über diese Themen auch zahlreiche Fachpublikationen. Neben seiner tiefen Fachkenntnis wird bis heute auch sein Umgang mit Patienten und seine Devise erwähnt, die er Zeit seiner Arztpraxis verfolgte: „Ein Arzt sollte nie vergessen, dass er nicht mit Krankheiten, sondern mit Kranken zu tun hat …“
Beim Namen des Doktors Oppolzer erscheint die Bezeichnung „von Oppolzer“. Die Verdienste des bekannte Arztes und Pädagogen wurden nämlich vom Kaiser belohnt und er wurde zum Ritter geschlagen. Er starb am 16. August 1871 am Fleckfieber, mit dem er sich bei seiner Arbeit im Krankenhaus infiziert hatte.